INTERCOTON a été créée le 22 novembre 2000 selon les dispositions de la loi n° 60-315 du 21 septembre 1960 et restructurée le 18 décembre 2013 conformément à de  l’Ordonnance n°2011-473 du 21 décembre 2011 relative aux Organisations Interprofessionnelles Agricoles (OIA).

Elle est aujourd'hui régie par le décret N° 2014-514 du 15 septembre 2014 portant reconnaissance de l'Organisation Interprofessionnelle Agricole de la filière coton de Côte d'Ivoire. Notre OIA a été la première à être reconnue comme telle par les autorités ivoiriennes conformément aux dispositions en vigueur.